O programa estabeleceu um conjunto de ligações com outros programas de doutoramento, beneficiando de cursos em áreas específicas para as disciplinas opcionais, o que permite dar resposta a interesses e necessidades específicos dos estudantes: Programa MIT Portugal PhD: cursos sobre energia sustentável;
Programa de Doutoramento em Paisagem, Biodiversidade e Sociedade: Avaliação Económica do Meio Ambiente (ISA-UL); Programa Doutoral em Engenharia do Ambiente: Avaliação Estratégica e Sustentabilidade (IST-UL), Programa de Doutoramento em Sociologia: Laboratório de Pesquisa, Práticas em Transição e Debates Teóricos em Sociologia (ICS-UL); Programa de Doutoramento em Geografia e Ordenamentodo Território: Problemática e Metodologias em Geografia e Ordenamento do Território e Seminário de formação especializada em Meio Ambiente e Recursos Naturais (FCSH- UNL).