José Lima Santos é licenciado em Agronomia, ramo de Economia Agrária e Sociologia Rural, pelo Instituto Superior de Agronomia (ISA), e doutorado em Economia do Ambiente e dos Recursos Naturais pela Universidade de Newcastle upon Tyne, Reino Unido.
É Professor catedrático do ISA, onde leciona desde 1987. Tem assegurado a coordenação e docência de numerosas unidades curriculares na área das Ciências Económicas e Sociais aplicadas à Agricultura, ao Ambiente e ao Meio Rural. Foi diretor-geral do Gabinete de Planeamento do Ministério da Agricultura, membro do Conselho Nacional do Ambiente e do Desenvolvimento Sustentável (CNADS), e membro do Conselho Geral da Universidade de Lisboa. Realizou diversos estudos de avaliação de políticas públicas no domínio da agricultura e ambiente. A sua investigação, enquadrada no Centro de Estudos Florestais do ISA e do Laboratório Associado TERRA, está atualmente focada nas relações entre sistemas de produção agrícola e florestal, biodiversidade e serviços de ecossistemas, em países desenvolvidos e em desenvolvimento.